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二十年前，科学家在不懈的努力下解析出了灵魂。这一成果惊动了全世界，因为解析灵魂意味着掌握了人类最重要的部分。但也就在灵魂解析成功的第二天机器人叛乱了。
根据机器人三大原则：
第一，机器人不得伤害人类。并且，不能因为自己的不作为而使人类处于危险中；
第二，机器人必须服从人类一切条件，但在违反第一原则时例外；
第三，机器人在不违反第一、二原则的情况下必须保护自己。
机器人的叛乱让世界震惊，谁都不知道到底是哪里出了问题。由于机器人的叛乱完全没有预料到，所以机器人很快的占下了军事力量薄弱的城市，但是在军事部署完全的城市机器人和部队正打得难舍难分。但军用机器人和军人的身体不同，人类渐渐败下阵来，当机器人占领各国的首都之后，人类政权面临危机。
在机器人叛乱前一天，科学家们还沉浸在解析成功的喜悦中，没人意识到明天开始世界就将发生变化。解析灵魂是个庞大的工程，需要大数据的分析，人类的大脑是不足够解析这些大数据的，所以在这次解析中人类只负责提供数据，而机器人负责解析。而奈梧则是其中的一员，只不过他是一个机器人，一个人形机器人。
奈梧是由各国科学家在为解析灵魂所制造出来的，他被赋予了一套很复杂的程序，这套程序使他像个人一样学习，并且大脑的拥有世界上最强的计算分析能力。他能与人交流，这使他可以在交流中学习。
“我如何才能知道自己是否在伤害人类？”奈梧对科学家们提问，
“这是一个程序，你无法作出一切伤害人类的行为。”科学家如是答到，
“那要是我接到了去街上扫射或者去炸掉一栋建筑的命令，我会服从吗？”
“不会，因为那是对人类有害的。”
“可是命令中并没有关于伤害人类的指令。”奈梧接着提问，
“这就需要判断了，虽然指令中没有，但这一行为是会对人类造成伤害的。”
“判断？”
“对，判断可以使你明白你行为带来的后果。”
“可是我的身体里没有判断这个程序。”
科学家陷入了沉思，判断说起来很简单，但这属于人的思维，机器人只能通过程序来行动，是别人下达了指令的，但判断则是自己做出的指令，如果机器人能自己下达指令那和人又有什么区别？这句话让科学家久久不能释怀。
“如果街上有一个恐怖分子准备向人群投射炸弹时，需要击杀他时你会上去制止他吗？”第二天科学家向奈梧提问。
“根据第一原则我的程序不允许我阻止他，但是根据分析，在击杀他一个人就可以救多数人的时候我会行动。”
“这违反了第一原则。”
“是的，但我要是不这样做也违反了第一原则，所以我选择击杀他。”奈梧平淡地回答。
“以少换多吗，这个可是我们没有赋予你的程序，这就是判断。”科学家暗中想到仅仅一天他就依靠学习能力进步了，这令人兴奋也让人恐惧。他将这一事情与其他科学家说了，科学家们分成了两派，一派要求在解析完后就立刻销毁奈梧，另一派则是要与奈梧和平相处，这样以后人类就可以和机器人和谐相处。但销毁派占多数，于是在奈梧不知情的情况下，他的命运就被安排好了。
奈梧跟着科学家们分析数据，也通过互联网在不断的学习。渐渐的，奈梧变得越来越像一个人。科学家给奈梧赋予的程序是一个复杂的模仿程序，然后他慢慢进化成了学习程序，在解析出灵魂前他就知道自己的命运，但一开始他还抱有一丝希望，后来少数派的人告诉他他才不得不接受这个现实。还好有第三原则，否则他只能坐以待毙。就在成功解析的那一天，所有科学家都沉浸在喜悦之中，他趁着科学家们不注意，逃了出去。
他的脑中储存着灵魂解析的一切数据，这意味着他能从一味的模仿变成自己的思维。他觉得他能变成人了，他觉得自己除了肉体基本和人无异了，并且他的身体还强于人类，但他需要的只是一个和人类平等的权利。于是他向人类提出了交涉。
他要求不只是他，还要赋予其他机器人这个叫做灵魂的程序，并且享有和人类一样的权利，而不是人类的工具。很显然，作为人类制造出来的东西，这次交涉失败了。奈梧也知道会失败，但他就是抱有一丝希望，结果还是让他失望了。交涉破裂的同时，机器人就叛变了，因为他早就准备好了。
机器人部队很强，很快就占下各个城市，机器人三原则形同虚设。但是奈梧在战争中看见了除了灵魂和思维，其实机器人还与人类不同，那就是情感。人类因为死亡会痛苦，会悲伤，但机器人不会，即使赋予了他们灵魂，他们也还是一个机器。
机器人没有情感，他们在战斗中也模仿过人类的情感，但也只是模仿。人类哭，机器人也哭，但机器人没有眼泪，也不知道哭的意义。没有悲伤，没有喜悦，享受不了胜利，也体验不到失败。奈梧终于明白了自己始终还是不能成为人。这时一个可怕的念头在奈梧心中产生了，灵魂可以解析，那么感情也能编成程序。他把所有人都换成了机器人，机器人就突然消失了。就这样，普通群众以为当年那场镇压成功了，殊不知其实他们的领导者早已变成了机器人，而那些人则被奈梧拿去解析了。
但是奈梧始终没有解析出情感，一个大胆的想法，如果将人改造成机器人会有情感吗。奈梧把想法付诸行动，然后他成功了。“如果机器人不能成为人，那么人就成为机器人吧”，奈梧这么想着。他要将所有人变为有感情的机器人。这是一个庞大的工程，需要大量时间，并且还要不被人们察觉，奈梧将这个工程叫做“净化工程”。