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在朱由检心中从未想过去治孙传庭的罪，当然他也没有对孙传庭失望，相反因为这件事情让朱由检对孙传庭更加有信心，若说之前他是靠着前世的记忆觉得孙传庭是个有能力的人，那么经过这场神庙叛乱、短短几日孙传庭便就平定了叛乱，就可以说明他是个临危不乱，可寄重托之人，朱由检闷闷不乐的原因在于现在的历史在已经改变，因为在他所熟悉的历史中四川根本就没有发生过这种可以震动朝野的叛乱，历史已经改变，当然最让朱由检失望的还是朝廷上的官员与应变能力。
保宁府发生叛乱，大臣们第一件做的事情便是要弹劾孙传庭，难道他们就不不知道事有轻重吗？朱由检知道，凭着现在朝廷现在的能力，根本就不足以应付日后的种种变局，也是因为这件事情，让朱由检下了一个决定，他要再度增设一个行政机构，专门应对这种突发事件所用，严格意义上说就是为了叛乱做准备。
养心殿中，朱由检站在门前，在他的身后站着李国普，袁崇焕二人。
“刚刚孙传庭上了折子，想必你们两人心中也都清楚，叛乱被平定了，贼首也死在乱军之中，可朕却怎么也高兴不起来。”
“不知皇上为何忧愁？”李国普开口询问道。
朱由检转过身看向李国普一字一句道：“从四川叛乱到结束，朕所忧愁的事情就不是叛乱本身，而是朝廷的不作为，若不是四川官府处理得当，那这场叛乱便会尾大不掉，造成极其严重的后果，当孙传庭上奏说保宁府有人举事谋反，满朝文武没有一个人跟朕说，该怎么办，朝廷下一步该怎么做，是招安，还是平叛，没有一个人说啊，朕十分寒心，他们第一个想到的就是要弹劾孙传庭，李国普，你在京师呆了那么多年，有多少官员吃着闲饭，每日拿着朝廷的俸禄，等到朝廷用到他们的时候，他们却拖着那些想为朝廷办事官员的后腿，你们说，朕该不该寒心，又该不该忧愁呢？”
朱由检的话让李国普哑口无言，当然这些李国普也都想过，但是他不是张居正，他不敢提出精简机构，裁剪官员的方案来，故听完朱由检的话，他只能闭口不言。
朱由检往前走了两步开口说道：“此次平叛死伤的官军家中要有抚恤，这笔银两由内库出，朕不希望有人在这笔银两上动手脚，而通江城的百姓最苦，受了无妄之灾，下旨，免征保宁府一年赋税，通江五年赋税。而贼首五马分尸，株连九族。”
李国普与袁崇焕尽皆低头恭敬道：“遵旨。”
“这次保宁叛乱，孙传庭确实有些责任，你们二人认为我该怎么惩罚他。”朱由检回到龙榻上坐下后开口询问两人。
李国普与袁崇焕与孙传庭都没有什么交情，但从朱由检刚刚的语气中可以看出朱由检根本不就没有想过要惩处他，故看透一切的袁崇焕开口说道：“皇上，孙传庭监管不力，但处事不惊，为朝廷平定了叛乱，理应功过相抵。”
“功是功，过是过，怎能相抵。”朱由检摆摆手道。
“既然如此，不如罚他一月的俸禄。”李国普也开口说道。
听完李国普的话后，朱由检笑了笑道：“那就罚他三个月的俸禄，让他长长记性，当然他也有功劳，朕就奖赏他一百两白银，荫一子为锦衣卫百户，让他上报一个名单，谁有功劳，朝廷便会额外赏赐。”这道旨意发出去，一定会让许多官员不服气，这那叫罚啊，这分明就是天大的赏赐，当然朱由检送给孙传庭的最大的赏赐不是什么荫子百户，一百两赏银，而是让他上报一个朝廷额外赏赐的名单，这有助于孙传庭在四川军中树立威望，孙传庭在四川越有威望对于日后的中原局势就越有影响力。
朱由检这么偏心的旨意，李国普与袁崇焕也都没有提出什么不同意见，只道了声遵旨，谈完这事情以后，朱由检便让两个人退下。
一波未平，一波又起，蒙古那边又发生了情况，盟约签订了，但是施凤来却被扣在了那里，谈判使团在那里用尽了九牛二虎之力，蒙古人还是不放施凤来回来，他们都认为信不过汉人，知道施凤来是个大官，在皇帝面前说的上话，为了保证明人能够遵守盟约，便羁押了施凤来，想来还是为自己找一份保证。
施凤来被压在了蒙古，朱由检倒是没有想到，不过既然事情已经发生，就只能想着办法解决，蒙古人把施凤来扣在蒙古，根本就不是明智的选择，若是明朝不想遵守盟约，便是有十个施凤来在那里，也不会顾及，这样子，只能让满朝文武对于蒙古不再信任，得不偿失。
朱由检让王承恩去看了施凤来的家人，并宽慰一番。
施凤来被扣在蒙古，满朝文武都十分震惊，生气，两国交战还不斩来使呢，这来签订盟约，你却把人扣了，这样子的人能指望着他们遵守盟约呢？所有的官员心中都打了这样一个问号，即便朝中的重臣也都有此疑问，若是盟约签订后，蒙古人不遵守，那要之何用，最为重要的是这关乎到皇家与朝堂的颜面，故大臣们都纷纷上奏，痛骂蒙古人，更有人提出废除盟约，若是不把施凤来与福王世子朱由崧放回来，便出兵北伐，当然喊出这些话的也都是些理想派。
不过一封大臣的一封奏章却解了朱由检的困惑，上这封奏章的不是别人，正是礼部侍郎温体仁。
“施辅臣北复蒙古，签订盟约，蒙古无信，私扣辅臣，阻其回国，端是可恨，虽蒙古，不受教化，但建奴势大，威胁北疆，皇上应以大局为重，签订盟约共抗后金乃是国策，不能因一人，而阻碍盟约，为堵天下百官之口，皇上应立即下旨，言明在施凤来离京之际，皇上便嘱咐与他，想尽办法，留在蒙古，监督蒙古，履行盟约，此然便解了百官疑惑，事关国策，望皇上采纳微臣之谋，不能因一人而费公。”(未完待续。)