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两人争吵之后，未达成一致意见，不欢而散。
完者都秘密向所部发出撤离重庆的号令。当夜，他带领所属的一万多人马悄悄撤出重庆，一路急行军，连夜向果州（今四川南充）撤退。
第二天，哈麻秃的属下来报告，说完者都所属人马不知去向。哈麻秃气得七窍生烟，大骂完者都临阵脱逃，罪当凌迟！发泄一通愤激之词后，哈麻秃令部下将高桅杆战船数十艘凿穿，沉于铜锣峡江中；又在江面扯起铁链，以此封锁水面，阻止红巾军进入重庆水陆码头。
王启岩得知这一消息后，立即派心腹通知预留城内的红巾军斥侯。斥侯回到水军营中，向邹兴报告了这一情况。于是邹兴将几十艘战船装满条石、铁砣，行至元军沉船处，砍掉桅杆，凿船沉江，压垮了元军的沉船，扫清了水下障碍。
明玉珍令将军吴友仁率陆军沿两岸前进。吴友仁率五千人马登陆后，立即扫荡两岸元军，并用钢斧砍断封锁江面的铁链。接着，他率部向重庆勇猛攻击前进。
邹兴率领水军船队，顺利出了铜锣峡，抵达唐家沱水域。这时，哈麻秃令水军都统普什粘罕率五千水军迎战。邹兴率领的水军船队与普什粘罕的水军在唐家沱相遇，双方展开激烈战斗，互有战船被击沉。普什粘罕亲自驾船冲撞红巾军的战船，韩成所率的一艘战船被撞沉，韩成和大多数士兵落水身亡，红巾军的攻击暂时受阻。
这时候，王启岩率盐运司三个营二千余人，驾着盐运司的护送船，突然从普什粘罕水军的后面发起攻击。元军不知究里，战船队形顿时大乱。邹兴听见元军后方喊杀声震天响起，知道是王启岩率军起义，于是指挥战船向普什粘罕的指挥船冲过去，并挽弓搭箭，射杀了普什粘罕。
众将士齐声呐喊：“普什粘罕死了，快投降吧！”元军失去指挥，顿时陷入混乱。红巾军趁机冲入元军船阵，奋力杀敌。不到两个时辰，普什粘罕的水军在邹兴和王启岩前后夹击下死伤大半，余者投降。
红巾军乘胜进抵朝天门码头，经短暂战斗，元军向山城内溃败。此时，吴友仁指挥的五千陆军正从江北一路冲杀过来，在朝天门与大军会合。随即，红巾军分数路进攻重庆市区，与元军展开激烈巷战。战斗中，哈麻秃被邹兴的部将生擒。城内元军失去指挥，溃不成军。红巾军趁机包抄围攻已是惊弓之鸟的元军，除少数逃窜城外，大部分都缴械投降。此战，红巾军歼灭元军三万余人。
当天，明玉珍的船队抵达朝天门，他立即整顿队伍，严明军纪，列队开进重庆城内。饱受元朝奴役的重庆百姓敲起锣鼓，放起鞭炮，箪食壶浆，载歌载舞，夹道欢迎红巾军入城。杨学可在《明氏实录》中记录了重庆人民欢迎红巾军入城的盛况，以及明玉珍纪律严明的情况：“重庆城中父老焚香拜迎道左，珍禁止侵掠，秋毫无犯。由是四外投降络绎。”
明玉珍脚穿草鞋，进驻右丞相府后，命令城中只留少数部队维持秩序，其余部队驻扎城外，不许侵扰百姓；同时贴出告示，安抚百姓。因此，城内商店照常经营，往日繁华依旧。重庆父老第一次见征虏大元帅明玉珍脚穿草鞋，于是皆呼其为“草鞋王”。
元末，四川经济异常凋敝，官吏贪污成风，赋税徭役也特别繁重。当时重庆正税为每二户出丝一斤。以供官用。五户出丝一斤，以与受赐贵戚功臣之家。上田亩三升半，中田三升，下田二升半，水田亩五升。其他赋税名目繁多如牛毛，又以茶、酒、醋税为最重。商人买茶，要纳钱请引才许买卖，由西南监榷茶场负责征收茶税。元朝如此苛虐搜刮，农民负担尤为沉重，过着牛马不如的痛苦生活。
明玉珍认识到，振兴经济，改革吏治，直接关系到大宋政权在四川的巩固乃至存亡。于是，他决心缓和矛盾，大力发展生产，首先改变重庆老百姓的这种痛苦生活状况。他坚决没收了元朝的“牧马地”和部分大地主的土地，分给无地或者少地的农民，实行“赋税十取其一，农无力役之征”的赋役制度。由于实行了一系列有利于老百姓的条令，重庆地区人民得到了实惠，大家衷心拥护明玉珍和红巾军。
明玉珍是个实干家，他经常带领随从微服私访，甚至到田间地头去了解耕种收获之事以及民间疾苦，然后交给下属认真处理。他还亲自过问处理疑难刑狱案件。一时间，明玉珍体察民情，清正廉明的口碑声名鹊起，民心由此聚拢。
巴县有一个富豪叫张文炳，他家里十分富足殷实，在各地豪杰纷纷起兵反元的时候，他也大肆招兵买马，拉起一支队伍，被官府招为义兵，令他自保乡里。这时，他看到元朝气数已尽，于是带着八千多名兵丁来重庆投奔红巾军。
明玉珍接见了张文炳和王启岩。对他们深明大义的义举大加赞赏。封王启岩为下万户镇抚，武义将军，编入明三的部队并受其指挥。明玉珍见张文炳颇有气度，又谈吐不凡，于是拜他为簿书掾。
接着，明玉珍修书徐寿辉，报告攻占重庆，派人押解哈麻秃至宋都汉阳。徐寿辉大喜，是年秋授明玉珍陇蜀行省右丞，吴友仁晋升为中万户长、信武将军，邹兴晋升为中万户镇抚、宣武将军。
明玉珍在重庆站稳脚跟后，即打算以重庆为大本营，向川南、川西发展。戴寿建议道：“我军宜先取川南，再讨川西。”明玉珍采纳了他的建议。
秋，明玉珍派明三的部队乘势占领了泸州。冬，起义军奋起余威，又接连攻下叙南(今四川宜宾)、公井镇（今属四川自贡）等重要城镇。